Собрал у себя на ноуте сервер Apache 2.0.63, PHP Version 5.2.9-1, MySQL 5.0.51
Установил maxsite cms 0-31. В php.ini было установлено allow_call_time_pass_reference = off (чтобы не было этих сообщений меняем на on), в результате на главной странице могу наблюдать:
Warning: Call-time pass-by-reference has been deprecated in .\application\maxsite\common\page.php on line 107
С 107 по 113 и, с 116 - 122
Сообщение обозначает, предупреждение разработчику о том, что передача аргументов по ссылке во время вызова функции была объявлена устаревшей
Не знаю, нужна эта информация для разработчиков maxsite cms или нет, но всё равно выложил.